大豆肽的加工主要是以大豆或者豆粕為原料，利用化學方法或酶法將大豆蛋白質水解而成。

目前較為典型的制備大豆多肽的方法是采用低變性脫脂大豆粕作為生產原料。

首先將豆粕經弱堿浸泡、磨漿分離、酸沉、中和調漿一系列工序得到濃度約10%的分離大豆蛋白溶液；接著在pH為8.0，溫度為70℃條件下加熱10分鐘，主要目的是提高酶解速率；然后在溫度為45℃、酶用量為E/S=2%，pH=8.0條件下水解4小時，加酸調pH至4.3使未水解的大豆蛋白酸沉而除去，并加熱升溫至70℃，維持15分鐘鈍化蛋白酶，因此得到水解率為70℃的大豆蛋白水解物溶液；然后用固液比為1∶10的活性炭粉在50℃攪拌30分鐘，冷卻過濾，可達到明顯的脫色、脫苦效果；脫色脫苦后使大豆多肽溶液緩緩流經陰陽離子交換樹脂除去酸沉、中和調漿及水解過程中所加入酸堿生成的鹽；最后在89.325千帕的真空度下濃縮30分鐘，即得到成品大豆多肽濃縮液，為澄清的淺黃色溶液，無豆腥和其他任何異味，可直接作為流食食用，亦可與果汁、糖、酸按一定比例制成酸甜適口的蛋白類飲料或噴霧干燥制成粉末。